המרכז להגות בחינוך היהודי מארגן בכל שנה בירושלים כינוס אקדמי שבו נפגשים אנשי חינוך לדיון ולליבון נושא חינוכי העומד על הפרק. בחוברת הכינוס כתובות כל הרצאות שניתנו במהלכו.
- הכינוס הראשון – תשנ"ו: יהדות ודמוקרטיה – מחלוקת ואחדות
- הכינוס השני – תשנ"ז: הערכיות בחינוך היהודי בדורנו
- הכינוס השלישי – תשנ"ח: החינוך היהודי והפוסט-מודרניות
- הכינוס הרביעי – תשנ"ט: הרלוונטיות של החינוך הציוני הדתי בימינו
- הכינוס החמישי – תש"ס: החינוך המלכתי-דתי – גבולות ומגבלות
- הכינוס השישי – תשס"א: חינוך לאמונה
- הכנס השביעי – תשס"ב: חינוך הבת בימינו
- הכינוס השמיני – תשס"ג: סגנונות בעבודת ה' בימינו: בין אהבה ליראה
- הכינוס התשיעי – תשס"ד: חילון וחינוך דתי בעידן פוסט-מודרני
- הכינוס העשירי – תשס"ה: חינוך דתי: רפורמה ערכית או מִנהלית?
- הכינוס האחד-עשר – תשס"ו : הנוער וההתנתקות
- הכינוס השנים-עשר – תשס"ז: החינוך היהודי כדה-לגיטימציה לנורמות מושחתות ולהופעת ספר הזיכרון לפרופ' רפל ע"ה
- הכינוס השלושה -עשר – תשס"ח: גווים בחינוך היהודי
- הכינוס הארבע- עשר – תשע"א: החמ"ד מעצים קהילות